僧人诵经时用木锤敲击木鱼，便发出清脆的声音，用于掌握诵经节奏与调整音节。另一种木鱼，悬挂在寺院的斋堂附近，呈直鱼形，扁平而中空。又称作“梆”，是通知僧众进斋饭的信号。这种木鱼悬吊的方向很有讲究。一般寺院只许鱼头朝寺内方向，只有十方丛林方可鱼头朝外。

僧人敲木鱼除了上述用途外，尚有它更深一层的含义，就是“自警”。因为“鱼昼夜未尝合目，亦欲修行者昼夜忘寐，以至于道”。